丘脑下闭经是最少见的一类闭经。由于丘脑下功能紊乱而影响垂体，进而影响卵巢而引发闭经。其病因简单，可由于中枢神经器质性恶性肿瘤、精神因素、全身性疾病、药物和其他黏液功能失调而引发。精神、神经因素：精神创伤，如过度紧绷、不安、担忧等，可造成中枢神经与丘脑下之间功能紊乱，并通过丘脑下部——垂体——卵巢轴，使受精功能障碍，影响卵泡成熟期而致闭经。

营养不良症：由于营养紊乱或某些消耗性疾病如肠胃功能失调、相当严重肺结核、相当严重贫血、血吸虫病、疟疾等，引发全身性营养不良以致影响丘脑下部的促性腺激素释放激素与生长激素的制备与黏液，从而诱导促性腺激素、性腺功能消退而造成原发或继发性闭经。药物杯葛综合征：有些妇女静脉注射长效避孕针或口服避孕药后造成神经性闭经。多见于妇女原先月经紊乱或流产后过早服用避孕药，其药物诱导了丘脑下部和垂体的功能。但经常是共轭的，一般戒断3——6个月才可大自然完全恢复。

闭经溢乳综合征：患者除闭经外还有持续性分泌乳汁，内生殖器衰退等。丘脑下部生乳素诱导因子或多巴胺降低可造成出现异常泌乳，促性腺激素释放激素黏液严重不足而造成闭经。造成溢乳的原因很多，如口服避孕药或长年衣利血平、氯丙嗪、眠尔通等都可引发闭经溢乳综合征。

多囊卵巢综合征：患者主要展现出闭经、不育、多毛、体重增加、双侧卵巢减小，黄体生成素（LH）/卵泡刺激素（FSH）比值偏高，卵巢黏液的雄烯二酮和睾酮量激增，雌激素适当增加，以致无受精，经常出现闭经。其他内分泌功能出现异常：肾上腺、甲状腺、胰腺功能失调也可引发闭经。少见的疾病有甲状腺功能失调和严重不足，肾上腺皮质功能失调，肾上腺皮质肿瘤等。

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